La direction de la fédération Nanosats est composée d’un/e directeur/trice et un/e directeur/trice adjoint/e, l’un/e étant spécialiste des sciences de l’Univers et l’autre des Sciences de la Terre. Actuellement la direction est assurée par Coralie Neiner (directrice de la fédération; LESIA, Observatoire de Paris) et Gauthier Hulot (directeur adjoint de la fédération; IPGP, Université Paris Cité).